Микроплаките обикновено се изработват от материали като полистирен (PS), полипропилен (PP) и поликарбонат (PC). Полистиролът е най-често използваният материал; той предлага отлични оптични свойства - включително висока пропускливост на ултравиолетова и видима светлина, което го прави подходящ за експерименти, изискващи оптични измервания като абсорбция и флуоресцентно откриване.
В допълнение, полистиролът показва добра химическа стабилност и характеристики на повърхностна адсорбция, което му позволява ефективно да свързва биомолекули като протеини, което го прави чест избор за анализи като ELISA. Полипропиленовите микроплаки предлагат превъзходна химическа устойчивост и термична стабилност, издържайки на излагане на определени органични разтворители и високотемпературна обработка; те обикновено се използват в експерименти, включващи органични разтворители или високотемпературна стерилизация. Поликарбонатните микроплаки осигуряват висока механична якост и прозрачност, което ги прави подходящи за приложения, изискващи стабилни механични характеристики, като например клетъчни изображения.
